Theo Tiến sĩ Lê Mạnh Thát, từ năm 2001 đã có dự án tái lập Viện Đại học Vạn Hạnh. Theo dự định Viện Đại học Vạn Hạnh sẽ có 10 phân khoa đại học: Phật học, Văn khoa, Luật khoa, Khoa học Tự nhiên, Khoa học Xã hội, Kỹ thuật, Y Dược, Nông nghiệp, Kiến trúc, và Giáo dục.[11] Sự mong muốn đó không thành.

Tính đến năm 2019 cơ sở được giấy phép hoạt động là Học viện Phật giáo Việt Nam.[8]